1630年12月17日（寛永7年11月14日）に福岡県で生まれる
1648年（慶安元年）、18歳で福岡藩に仕えたが、1650年（慶安3年）、2代藩主黒田忠之の怒りに触れ、7年間の浪人生活を送ることとなる。
1656年（明暦2年）27歳、3代藩主光之に許され、藩医として帰藩[3]。翌年、藩費による京都留学で本草学や朱子学等を学ぶ。
7年間の留学の後、1664年35歳の時、帰藩し、150石の知行を得、藩内での朱子学の講義や、朝鮮通信使への対応を任され、また佐賀藩との境界問題の解決に奔走するなど重責を担った。
40歳のとき4代藩主黒田綱政から荒津東浜(現在の荒戸1丁目)に屋敷を与えられ、生涯の住まいとした。
1699年、70歳で役を退き著述業に専念。著書は1712年（正徳2年）に上梓した『養生訓』を始め、生涯に60部270余巻に及ぶ。
和俗童子訓は、1710年、益軒が81歳の時に執筆した日本初の体系的な教育書といわれている。児童の発展に応じた随年教法に基づく点に特徴があり、寺子屋での教育や明治以降の小学校教育に強い影響を与えたとされる。
